Józef Stanek urodził się w 1916 r. w Łapszach Niżnych w diecezji krakowskiej, na pograniczu polsko-słowackim. Był ósmym, najmłodszym dzieckiem Józefa i Agnieszki, którzy zajmowali się rolnictwem. W 1923 r. rodzinę nawiedziła tragedia. Epidemia tyfusu w ciągu dziewięciu miesięcy pochłonęła życie obojga rodziców i dwóch dziadków. Opiekę nad Józefem przejęło starsze rodzeństwo, w szczególności 34-letnia najstarsza siostra Stefania i brat Wendelin.